2026-2027亞足聯冠軍乙級聯賽（AFC Champions League Two，即原亞足聯杯升級後的“二級聯賽”）共有 32 支球隊參加正賽小組賽。
32支球隊被平分為東亞區（16 隊）和西亞區（16 隊），兩大區在小組賽階段互不交叉。東、西兩區各分為 4 個小組（每組 4 支球隊），共 A 至 H 八個小組。

比賽採用主客場雙循環制，每支球隊在小組賽階段共進行 6 場比賽。
積分計算：勝一場得 3 分，平一場得 1 分，負一場得 0 分。

小組賽階段比賽結束後，每個小組的前兩名（小組第一和小組第二）直接晉級 16 強。八個小組共計 16 支球隊出線，第 3 和第 4 名則直接被淘汰。

若同一小組內有兩支或兩支以上球隊積分相同，將按以下同分破同順序（同分排名規則）依次進行比較，直到分出先後：
1、相互比賽積分：同分球隊之間相互交手的總積分；
2、相互比賽凈勝球：同分球隊之間相互交手的總凈勝球；
3、相互比賽進球數：同分球隊之間相互交手的總進球數；
4、若上述 1-3 項仍有多支球隊並列，但已能剔除部分球隊，則將剩下的並列球隊重新帶入 1-3 項進行一輪比較；
5、小組總凈勝球：該球隊在小組賽所有比賽中的總凈勝球；
6、小組總進球數：該球隊在小組賽所有比賽中的總進球數；
7、點球大戰：如果只有兩支球隊各項數據完全相同，且兩隊恰好在小組賽最後一輪直接交鋒並戰平，則直接通過現場點球大戰決定排名；
8、公平競賽積分：計算小組賽階段的紅黃牌扣分（黃牌扣1分，兩黃變一紅扣3分，直紅扣3分，先黃後直紅扣4分），分數越少排名越靠前；
9、協會技術排名：球隊所屬國家/地區足協在亞足聯的俱樂部技術積分，排名高者靠前。

淘汰賽階段，16 強賽、半準決賽、準決賽均採用主客場兩回合淘汰制。若兩回合打平，將進行 30 分鐘加時賽。若加時賽結束後依然未能分出勝負，則通過點球大戰決定最終的晉級隊伍。

最終的決賽採用單場決勝制，雙方若在常規 90 分鐘比賽結束時打平，將進行 30 分鐘的加時賽（分為上下半場各 15 分鐘）。若加時賽結束後依然未能分出勝負，則通過點球大戰決定最終的奪冠隊伍。