2025年度的亞足聯冠軍聯賽精英賽為本項賽事改名的第二屆賽事，亞足聯根據2024-2025賽季發佈的協會排名進行分配名額，2025年度的亞足聯冠軍聯賽精英賽正賽階段的比賽，參賽球隊由之前的40支隊伍縮減為24支隊伍（東西亞區各12支隊伍），比賽將分為6個階段進行，資格賽、小組賽、十六強賽、半準決賽、準決賽、決賽。

資格賽階段：東西亞各區亞足聯排名第三名與第四名的協會將各有1支球隊參加資格賽階段的比賽，勝者將獲得參加2025年度亞足聯冠軍聯賽精英賽正賽的名額，負者則參加2025年度的亞足聯冠軍聯賽乙級賽小組賽階段的比賽。

小組賽階段：24支球隊將分為東西亞區2組(A組西亞、B組東亞)，各12支球隊，將以抽籤的形式決定8場比賽的對手，4場主場比賽，4場客場比賽，本國球隊在小組賽階段中不相遇，各小組的前八名球隊將晉級十六強賽的比賽。若積分相同則順序以有關隊伍的淨勝球數、進球數、獲勝場次多、公平競賽得分、抽籤決定。

淘汰賽階段：除十六強賽進行兩回合比賽外，半準決賽、準決賽、決賽均採取單場決勝負製。

備註：亞足聯於3月24日宣佈受地緣政治局勢及安全因素影響，西亞區十六強賽原定的主客場兩回合制被改為單場決勝制進行，如常規90分鐘內打平，將進行加時賽，若仍未分出勝負，則通過點球大戰決出賽區冠軍。