2025-2026日本女子甲組聯賽盃(WE League Kracie Cup)分為小組賽和淘汰賽兩個階段。

小組賽階段，全聯賽12支球隊被分為3個小組，每組4支球隊。採用主客場雙循環賽制，每支球隊共進行6場小組賽。勝場積3分，平局積1分，負場積0分。
各小組的第1名(共3隊)以及成績最好的小組第2名(共1隊)，總共4支球隊晉級淘汰賽。

淘汰賽階段 ，準決賽由小組賽階段晉級的4強球隊參賽，通過抽籤決定對陣，採用主客場兩回合制，兩回合總進球數多者晉級。
若兩回合總比分戰平，則進行30分鐘加時賽；若加時賽後仍未分勝負，則通過點球大戰決出勝者。

決賽採用單場決勝制，若90分鐘常規時間戰平，則進行30分鐘加時賽；若加時賽後仍未分勝負，則通過點球大戰決出冠軍。